イソフラボンには、実は２つのかたちがあります。違いは「糖」がついているかどうかです。煮豆や納豆、豆腐などに含まれる通常のイソフラボンは、糖がついている分子量の大きなイソフラボン。これを「グリコシド型イソフラボン」といいます。一方、糖がはずれている分子量の小さなイソフラボンを「アグリコン型イソフラボン」といいます。この２つは、体内への吸収性がまったく異なります。（下図参照）

▲アグリコン型イソフラボンは、グリコシド型イソフラボンに比べて分子量が小さいため、胃でより速く効率的に吸収される。
グリコシド型イソフラボンは、腸で腸内細菌の酵素で分解され吸収される。

　「グリコシド型イソフラボン」は、人間が摂取しても、腸内細菌の酵素によって糖をはずし「アグリコン型」にしなければ吸収できません。しかし、腸内細菌には個人差があるため、人によって吸収性にバラツキが生じます。
一方「アグリコン型」は、あらかじめ糖がはずれているため、腸内細菌の働きに関係なく胃からすばやく吸収でき、吸収率もグリコシド型に比べてはるかに高いのです。大豆食品の中では「味噌」だけが、麹菌の酵素によってあらかじめ糖が分解された「アグリコン型」になっています。